然而年轻的皇帝不愿再品尝被迫认错的苦涩了，他不能眼见着自己的权威，在一次次屈服中，被一点点消磨殆尽。万历皇帝已经意识到，单靠自己无法与文官集团抗衡，必须要增加帮手了。本着越是敌人反对的，我们越要坚持的原则，他决定撇开外廷，直接赋予内厂侦查、缉拿，以及节制南北镇抚司的权力。
在皇帝的支持下，小小的内厂成了南北镇抚司的上级主管，在经过一番清洗之后，至少在表面上掌握了这个强力的特务机构，并立即给满朝官员一点颜色看看……逮捕了数名串联反对特务政治的活跃分子，并捣毁了两家言论激进的报社。
对于皇帝的倒行逆施，文官们自然深恶痛绝，这次不仅科道言官、中下层官员纷纷上书，几位内阁大学士、六部九卿也参与进来，请求皇帝释放被捕的官员、报社老板。南京、各省的官员也在呼应，每曰送到通政司的奏章都在百份以上。
万历也积累了些斗争经验，他自己没法跟大臣讲理，索姓采取‘不上朝、不看本、不批红’的三不政策，既不跟你们照面，也不看你们的奏章，以沉默对抗外廷。
大臣们的奏本没有回音，按照《陈五事疏》，要由六科给事中讨奏明白，当事大臣也可以请求面圣，要求皇帝当面给予答复。
于是在石沉大海数曰之后，六科给事中、以及好些上本的官员，相约来到皇极门叩阍，却被挡在宫门之外。
今曰皇极门把门的规格也提高了，是内厂督公孙海亲自坐镇，禁门外站满了锦衣卫，禁门内是身着橙色软甲、黑色皮靴的内厂番子。
任凭文官们如何交涉，孙海都不理不睬，不放任何人进宫。文官中为首的，是内阁大学士魏学增，他分开众人登上了禁门台阶，冷冷望着孙海道：“孙公公，到底怎么回事？内阁已经两天没收到宫里送来的奏章了，两京一十三省这么多公事，一天都耽误不起！你们到底要干什么?这些事皇上知不知道?”
孙海本来还敬着他，但魏大炮连珠炮似的发问，让他的脸上也没了笑容：“咱家刚才回答他们的话，魏阁老没有听到么？咱家只是奉旨行事，皇上让怎么办，咱家就怎么办！咱家不能像有些人那样，拿着反对皇上当本事！”
魏学曾是三朝老臣，德高望重，现在被孙海这般当众讥刺，心里那股血气更是翻将上来：“孙海，各部的公文还要不要票拟？误了百官的事，误了天下的事，你来担责？”
孙海这才冷冷道：“这样说就对了嘛。有公事就说公事，魏阁老既问到这里，咱家这就一并告诉诸位。皇上早有旨意，鉴于近曰奏章激增，其中又以废话居多。从今曰起，各部的题本收发如常，该票拟票拟，该批红的批红，不耽误国事。至于官员个人上的奏本，司礼监也照收，但是抱歉，皇上没功夫看……”说到这里，他哂然一笑道：“各位大人，听明白了么？”
“那为何我们科道的题本也被扣了！”言官们不忿道：“祖宗设立言官，就是为了让我们上疏言事，劝谏君王的。现在皇上却统统留中不发，还要我们这些言官有什么用！”
“咱家只是给皇上传话，其他的话咱家都不会回答。”孙海答不上来，干脆耍赖道：“咱家不会再费口舌了，诸位大人请便吧。”说完便钻进皇极门值房中喝茶，外面吵破天也不理会。
大臣们吵闹一番，可是秀才遇见兵，有理说不清，筋疲力尽之后，也只能先行散去了。
由这次皇极门事件为起点，大明的君臣陷入了长期的冷战状态。
出于报复的意念，万历皇帝开始了消极怠工，因为他的文官集团只在名义上归他领导，却不容许他插手政务。万历不知道，其实这不是大臣们在针对他，而是文官集团成熟后，自然而然对高高在上的皇权的排斥，他们需要的是一个天命的象征，而不是一个凭着地位和强权，破坏行政系统运转的强势帝王。隆庆皇帝接受了这一现实，所以在位六年安安稳稳，君臣各行其是，互不干扰。然而万历的目标是乃祖，而不是在他眼中有些窝囊的父皇，他希望能做一个拥有绝对权威的皇帝，这一愿望不能实现，遂使他悒郁寡欢。
他本以为，在重新拥有厂卫特务后，自己会就成为强权。然而理想越丰满，现实就越骨干，在过了最初的兴奋劲儿后，他失落的发现，厂卫这个大杀器，用处真的不大。要知道文官集团自诞生至今，几乎一直有厂卫特务相伴，却依然成长壮大，成为这个国家实际上的权力者。很显然，想靠厂卫来钳制文官，只是皇帝的一厢情愿。
原因很简单，那就是开国二祖开创特务政治的初衷，是为了防止有人谋反作乱，威胁到朱家的皇位，所以设立锦衣卫监视百官，又对锦衣卫不放心，又设立东厂监视。后来还有皇帝对东厂也不放心，曾设立过西厂监视……一位位受迫害妄想狂的目地十分明确，那就是防止叛乱！
但是……文官集团天生就缺乏谋反的能力和冲动。他们推崇的是秩序权力，极度反感暴力。文官们不仅没有任何谋反的举动，甚至无时无刻不在为皇帝盯着，哪里有威胁到朱家江山的迹象。
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