崇祯年间，奸党被除后，方逢年又重新被起用，在朝中担任日讲官，后又升至国子监祭酒(官名)、礼部尚书兼东阁大学士。入阁辅政。后罢归。
南明立，方逢年已垂垂老矣，被起用，担任皇子老师，加太子少师衔。
他是东林党，颜常武打倒东林党时，因其老，又久不执政，遂给了皇家一个面子，没将他罢斥（其实颜大少放他在皇子身边，颇有不良念头），如今他终究忍不住，跳将出来。
他的奏折经过内阁、东南王府，皆诡异地不加任何意见，直达皇宫大内。
皇帝朱由产将他的奏折留中不发。
然后方逢年继续作死，再上奏折，说颜大少给大家发钱，与太祖之意相背，违了祖宗家法！
内阁、东南王府又不加任何意见，奏折直达皇宫大内。
朱由产无奈之下，请了方逢年过宫，与他说道：“堂堂的一个太子少师，居然不解朕意，不明事理，如何做得了皇子老师，令朕失望！”
这话非常重，方逢年脸涨得通红！
“北京落入清人手里，若给清人成席卷之势，长江以南亦将不保，我等皆无存身之地！东南王光复北京，让汉家衣冠存亡续接，乃是天大的功劳，不封王不足以酬其功！”朱由产摇头道
“虽然把闽省封出去了，但你可曾知晓，东南王是闽南人，闽南人是如何持家的？”
顿时方逢年呆愕了，听朱由产说道：“他不在时，不照样是朱家人在管着闽省，谁敢动闽省！”
闽南风俗，男人出海打拼，媳妇在家管家，而颜常武在大明的正室，乃大明公主朱真真么！
朱由产疲倦地道：“你告老回乡吧，放你在在皇子们身边，会害了他们的！”
对于颜常武的不良念头，朱由产知道得清清楚楚，因此将方逢年罢归。
他为颜常武所立，人皆称其昏庸无能，但事实上，朱由产明哲保身，在力所能及的范围内保全明朝，终其一世，颜常武对他尊重有加，不敢怠慢。
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